Το ARA San Juan βρισκόταν στη νότια θάλασσα της Αργεντινής 432 χλμ.  οπό τις ακτές της Παταγονίας, όταν εξέπεμψε σήμα για τελευταία φορά. Η κατάσταση έκτακτης ανάγκης αναβαθμίστηκε επισήμως σε επιχείρηση έρευνας και διάσωσης την Παρασκευή το βράδυ, αφού δεν υπήρξε καμία νεότερη επαφή με το αγνοούμενο υποβρύχιο.
Σύμφωνα με δήλωση της εκπροσώπου της NASA Katherine Brown στο CNN, ένα αεροσκάφος P-3 Orion που βρισκόταν ήδη στην Αργεντινή για ερευνητικούς σκοπούς, θα συνδράμει στις επιχειρήσεις για τον εντοπισμό του υποβρυχίου.
Σύμφωνα με το επιχειρησιακό πρωτόκολλο, σε περίπτωση βλάβης του συστήματος επικοινωνίας, το υποβρύχιο θα πρέπει να αναδυθεί. Οι αρχές ελπίζουν πως το υποβρύχιο πλέει σε ανάδυση, αλλά οι κακές καιρικές συνθήκες δεν έχουν επιτρέψει ακόμη τον εντοπισμό του.
Το ARA San Juan παραδόθηκε στο Πολεμικό Ναυτικό της Αργεντινής το 1985 και εκσυγχρονίστηκε τη περίοδο 2007-2014 για να μπορέσει να παραμείνει σε υπηρεσία για άλλα 30 χρόνια.