Οι παραδόσεις της σειράς «Ε» των Junkers Ju.188 σε μάχιμες μονάδες ξεκίνησαν νωρίτερα από αυτές της «Α» λόγω της επαρκούς διαθεσιμότητας των κινητήρων. Τα Ju.188Ε-0, εν αντιθέσει με τα Ju.188Α-0, διατήρησαν τα αερόφρενα. Στο E-1 εγκαταστάθηκαν οι BMW-801C που είχαν ισχύ απογειώσεως 1.600 ίππων και στα 4.600 μέτρα απέδιδαν 1.380 ίππους. Kατοπινά έλαβαν τους εξελιγμένους BMW-801D-2 ή G-2 που προσέφεραν στην απογείωση 1.700 ίππους και στα 5.700 μέτρα 1.440 ίππους. Το μέγιστο φορτίο βομβών ήταν το ίδιο με αυτό της σειράς «Α» και τα αεροσκάφη διέθεταν πολυβόλο MG-131 στον επάνω πυργίσκο. Το Ju.188Ε-2 βγήκε σε έκδοση τορπιλοφόρου κατά τα πρότυπα του A-3. Αρκετά εξ αυτών παρήχθησαν χωρίς τον ραχιαίο πυργίσκο EDL-131.
Κατά τις πρώτες αποστολές τους το Μάϊο του 1943, τρία Ju.188Ε-1 βομβάρδισαν ένα εργοστάσιο στο Lincoln του Lincolnshire της Ανατολικής Aγγλίας κατά τη νύκτα της 18ης προς τη 19η Αυγούστου. Ξεκίνησαν όμως να χρησιμοποιούνται εκτενέστερα από τον Οκτώβριο του 1943, όταν η Μοίρα 1/KG.6 ανανέωσε το στόλο της με 29 από αυτά. Ως επί το πλείστον, εκτελούσαν ανιχνευτικούς ρόλους, κατευθύνοντας ομάδες αεροσκαφών στο στόχο τους. Η πρώτη κατάρριψη ένος Ju.188Ε-1 καταγράφεται το βράδυ της 8ης προς την 9η Οκτωβρίου από το θρυλικό και αποτελεσματικό de Havilland DH.98 «Mosquito», ενώ το Δεκέμβριο του ιδίου έτους, οι συγκεκριμένοι τύποι παρελήφθησαν και από τη 2/KG.6.
Για ανιχνευτικούς ρόλους φτιάχτηκαν και τα Ju.188F-1 και F-2, που επίσης τροφοδοτούνταν με BMW-801D-2 ή G-2. Μάλιστα στο F-2 τοποθετήθηκε και ραντάρ εντοπισμού FuG 200 Hohentwiel.
Τα άλλα δύο, Ju.188G και Ju.188H, κατασκευάστηκαν ως βομβαρδιστικά και αναγνωριστικά αντιστοίχως. Η αστοχία του τηλεκατευθυνόμενου πυργίσκου FA-15 με δύο πολυβόλα MG-131 (είχε αρχικώς δοκιμαστεί στο Ju.88Α-4 και κατόπιν στο Ju.188-V2) οδήγησε στην απόφαση της τοποθετήσεως συμβατικού πυργίσκου στο Ju.188G-0, ενώ στο οπίσθιο τμήμα της ατράκτου του έφερε επιπρόσθετη ενίσχυση, ίδια με του Ju.188C-0. Η απουσία ραχιαίου πυργίσκου θεωρήθηκε μειονέκτημα, όμως προβλήματα υπήρχαν και με τον ουραίο, δεδομένου ότι οι γωνίες βολής ήταν πολύ περιορισμένες. Συν τοις άλλοις, μόνο βραχύσωμοι σκοπευτές μπορούσαν να αναλάβουν καθήκοντα λόγω της στενότητος του χώρου, ενώ η έξοδός τους σε περίπτωση ανάγκης ήταν σχεδόν αδύνατη.
Ως αποτέλεσμα, η Luftwaffe κατέληξε εκ νέου στην εγκατάσταση του τηλεκατευθυνομένου FA-15 για τα Ju.188G-2 και Ju.188H-2. Το πρώτο εκ των δύο ξεχώριζε για τα εξωτερικά στηρίγματα, τα οποία μπορούσαν να δεχθούν μεγάλο βάρος βομβών. Η αυτονομία πτήσεως θα έφτανε τα 2.385 χλμ, ενώ η ταχύτητά του σε ύψος 6.200 μέτρων υπολογιζόταν στα 538 χλμ/ώρα. Τα αεροσκάφη όμως της σειράς «G» και «H» δε δοκιμάστηκαν ποτέ εκτενώς, επειδή είχε προαποφασισθεί η μετάβαση της Junkers στο νέο project της, το Ju.388.
Τον Σεπτέμβριο του 1943, τα Ju.188F-1 εστάλησαν αρχικώς σε μονάδα αναγνωριστικών μακράς εμβελείας που επιχειρούσε από την Ουκρανία, ενώ στο τέλος του έτους αυτά παραδόθηκαν σε άλλες μονάδες του Ανατολικού Μετώπου, καθώς και στη Γαλλία και τη Νορβηγία. Το επόμενο έτος, μονάδες της KG.2, KG.26 και KG.200 προσέθεσαν στο στόλο τους τορπιλοφόρα Ju.188Ε-2 και ανιχνευτικά 188F-2.
Αντιθέτως, η Μοίρα KG.6 χρησιμοποίησε τα παραληφθέντα Ju.188 για νυκτερινές αποστολές βομβαρδισμού, τα οποία έλαβαν μέρος στις επιχειρήσεις «Steinbok» (Ιανουάριος-Μάϊος του 1944) και «Gisela» (3-4 Μαρτίου του 1945) εναντίον της Βρετανίας. Η μονάδα αναγνωριστικών Ju.188F-2 και D-2 με έδρα το Kirkenes της Νορβηγίας ήλεγχε τις διαδρομές νηοπομπών με κατεύθυνση προς το Murmansk και το Arkhangelsk της ΕΣΣΔ.
Το καλοκαίρι του 1944, τρία αεροσκάφη της σειράς «Ε» τροποποιήθηκαν ως νυκτερινά μαχητικά με την προσθήκη ραντάρ και τεσσάρων πυροβόλων MG-151 των 20 χλστ. ή δύο πυροβόλων MK-103 των 30 χλστ. στο ρύγχος. Ωστόσο, η ορατότητα των Ju.188R-0, όπως ονομάστηκαν, δεν ήταν ιδεώδης για νυκτερινή δράση, ενώ υπήρχαν ζητήματα και με την οπισθέλκουσα από το ραντάρ. Ως εκ τούτου, το project έπαυσε.
Υπήρξαν και προτάσεις μετατροπής τους σε αεροσκάφη μεγάλου υψομέτρου. Το 1943, το Ju.188 επανασχεδιάστηκε με μεγαλύτερη επιφάνεια πτερύγων και διαφορετικό πιλοτήριο, για να δώσει τρεις νέες εκδόσεις σε ένα κοινό πλαίσιο: το βαρύ μαχητικό Ju.188J, το βομβαρδιστικό Ju.188K και το αναγνωριστικό Ju.188L. Το εμπρόσθιο διαμέρισμα του πυροβολητού θα αφαιρείτο εντελώς και το ρύγχος θα έπαιρνε νέο, πιο κλασικό σχήμα. Ταυτοχρόνως, το φορτίο τους θα μεταφέρετο προς τη μέση, αντί πιο πίσω που ήταν στις σειρές «G» και «H». Οι απλούστερες εκδόσεις τους – χωρίς όμως αμυντικό οπλισμό, αλλά με μακρύτερες πτέρυγες – ήταν o μαχητής Ju.188S και ο εισβολέας Ju.188T. Με κινητήρες Jumo 213E-1 των 2.050 ίππων κατά την απογείωση και 1.690 ίππων στα 9.500 μέτρα ύψους, υπολογίστηκε πως θα έφταναν σε μέγιστη ταχύτητα τα 700 χλμ/ώρα, αλλά σε μεγάλο ύψος θα αδυνατούσαν να μεταφέρουν περισσότερα από 800 κιλά βομβών. Πριν όμως περάσουν στην παραγωγή, η σειρά μετονομάστηκε σε Ju.388:
Junkers Ju 388: Η επίδοξη γερμανική απάντηση στo αναμενόμενο B-29 «Superfortress»
και:
H συνέχεια στο Military History
