Οι Σοβιετικοί είχαν προβεί στην εγκατάσταση πυραύλων τους στην Κούβα, ελπίζοντας πως οι Δυτικοί δε θα το αντιλαμβάνονταν παρά μόνο όταν θα ήταν πια αργά για αυτούς. Μέσω όμως των πληροφοριών του Πενκόφσκι, οι αμερικανικές μυστικές υπηρεσίες μπόρεσαν να διαπιστώσουν πως η αντίπαλη πυρηνική τεχνολογία δεν υπερτερούσε της δικής τους. Τα εν λόγω στοιχεία απεδείχθησαν ζωτικής σημασίας για την επίλυση της κρίσεως στην Κούβα, η οποία ξεκίνησε στις 14 Οκτωβρίου του 1962. Η φωτογράφιση των πυραυλικών εγκαταστάσεων από ένα κατασκοπευτικό αεροσκάφος U-2 ήρθε να επιβεβαιώσει τις προετοιμασίες των Σοβιετικών. Στις δύο εβδομάδες που ακολούθησαν, ο Τζον Κένεντι και ο Νικίτα Χρουστσόφ επιδόθηκαν σε τεταμένες διαπραγματεύσεις, με τον πρώτο να έχει το σαφές πλεονέκτημα από τις πληροφορίες που είχε ανά χείρας.
Χάρη στα αρχεία «Ironbark» του Πενκόφσκι, οι αναλυτές της CIA κατόρθωσαν να αναγνωρίσουν τους φωτογραφημένους βαλλιστικούς πυραύλους στην Κούβα και να παραδώσουν στον Πρόεδρο Κένεντι μια λεπτομερή αναφορά σχετικά με το βεληνεκές και την ισχύ τους, ώστε να ολοκληρώσει τις διαπραγματεύεις επιτυχώς, μακρυά από μια πιθανή πυρηνική σύγκρουση των δύο υπερδυνάμεων. Το σοβιετικό οπλοστάσιο δεν ήταν τόσο πλούσιο όσο φοβούνταν έως τότε οι Αμερικανοί, αλλά και τα ηλεκτρονικά συστήματα κατευθύνσεως στερούνταν πλήρους λειτουργικότητος και καθολικής αξιοπιστίας. Πλέον οι ΗΠΑ είχαν γνώση της ακριβούς τοποθεσίας των σοβιετικών εκτοξευτήρων, καθώς και των αδυναμιών των εχθρικών πυραύλων μακράς εμβελείας. Έτσι, μετά από δεκατέσσερις ημέρες εξαντλητικών διαβουλεύσεων, ο Χρουστσόφ υπεχώρησε στις 28 Οκτωβρίου, δεχόμενος τελικώς να αποσύρει τα σοβιετικά όπλα από την Κούβα, κάνοντας ολόκληρο τον πλανήτη να ανασάνει από ανακούφιση.
Η δίκη και εκτέλεση του Πενκόφσκι
Έξι ημέρες πριν από την επιτυχή διπλωματική επίλυση της κρίσεως, ο Πενκόφσκι συνελήφθη. Μέχρι και σήμερα υπάρχουν διάφορες ασάφειες και απορίες για το πως οι Σοβιετικοί ανεκάλυψαν τη διπλή του ιδιότητα. Μια θεωρία συνδέει τη σύλληψή του με την Τζάνετ Τσίσολμ όπου ο σύζυγός της συνεργαζόταν με κάποιον Τζόρτζ Μπλέϊκ, ο οποίος όμως ήταν πράκτορας της KGB. Μόλις ο τελευταίος ενημέρωσε σχετικώς τους Σοβιετικούς, άρχισε η στενή παρακολούθησή του που επιβεβαίωσε στο τέλος τις επαφές του με τη Δύση. Άλλη θεωρία αποδίδει την αποκάλυψη του ρόλου του στο Λοχία του Αμερικανικού Στρατού Τζακ Ντάνλαπ, όπου ήταν στρατολογημένος από την KGB. Όταν μπήκε στο κάδρο των υπόπτων του FBI, αυτοκτόνησε στο αυτοκίνητό του με μονοξείδιο του άνθρακος.
Την υπόθεση ανέλαβε ο διοικητής της KGB αυτοπροσώπως.
Η συνέχεια στο Military History