Το Σεπτέμβριο του 1943, το τεχνικό γραφείο του Υπουργείου Αεροπορίας του Ράϊχ ήρθε σε συμφωνία με τη Junkers για δέκα πρωτότυπα ενός αεροσκάφους ιδανικού για πτήσεις μεγάλων αποστάσεων. Το αποτέλεσμα θα ήταν ένα βαρύ βομβαρδιστικό τριμελούς πληρώματος, εφοδιασμένο με τέσσερις κινητήρες BMW 801 ή 802, μήκους 23,24 μέτρων και ανοίγματος πτερών 31,23. Θα έφερε δύο πυργίσκους (ραχιαίο και ουραίο) διπλών πυροβόλων MG 151 και MG 131 αντιστοίχως, ενώ θα μπορούσε να πετάει για 4.500 χλμ. με μέγιστη ταχύτητα τα 690 χλμ. την ώρα και με φορτίο βομβών συνολικού βάρους πέντε τόνων.
Ως σημείο αφετηρίας η εταιρεία επέλεξε το, ήδη εγκεκριμένο για παραγωγή, Junkers Ju-188T.1, ο σκελετός του οποίου ήταν πολλά υποσχόμενος για το νέο project. Για τις πτέρυγες, την άτρακτο, το σύστημα προσγείωσης και τους κινητήρες θα χρησιμοποιούνταν τα Junkers Ju-88, 188, 288 και 388 αντιστοίχως. Έτσι, η συναρμολόγηση των κομματιών θα γινόταν χωρίς δυσκολίες ή επιπρόσθετες δαπάνες εξειδικευμένου τεχνικού προσωπικού.
Ό,τι επρόκειτο να κατασκευαστεί εξ ολοκλήρου από το μηδέν θα ήταν τα εσωτερικά σημεία των πτερύγων καθώς και κάποια τμήματα στο κέντρο της ατράκτου. Η συναρμολόγηση των δύο πρώτων πρωτοτύπων Ju 488 V401 kai V402 ξεκίνησε ένα χρόνο αργότερα, το Σεπτέμβριο του 1944. Περίπου την ίδια περίοδο, το Υπουργείο Αεροπορίας ενέκρινε την παραγωγή νέων κινητήρων από τους αρχικώς προγραμματισμένους να τοποθετηθούν. Αυτό σήμαινε πως στα επόμενα πρωτότυπα Ju 488 V3, V4, V5 και V6 θα προσαρμοζόταν νέα άτρακτος.
Για λόγους όμως σαμποτάζ και παρατεταμένων συμμαχικών βομβαρδισμών, η συναρμολόγηση των δύο πρώτων πρωτοτύπων δεν ολοκληρώθηκε ποτέ· και ενώ η κατασκευή των τεσσάρων επομένων, που είχαν επανασχεδιαστεί για τους Jumo-922A/B-3 (24 κυλίνδρων και δύναμης 2.500 ίππων), είχε προχωρήσει αρκετά, το αποτέλεσμα δεν ήταν διαφορετικό. Τελικώς, το υπουργείο διέταξε την πλήρη παύση του προγράμματος το Νοέμβριο του 1944.
