Η τελευταία έκθεση MSAR (Modernized Selected Acquisition Report) του υπουργείου Πολέμου των ΗΠΑ αύξησε το εκτιμώμενο κόστος προμήθειας (ανάπτυξη και προμήθεια των προγραμματισμένων αεροσκαφών και κινητήρων) του προγράμματος F-35, των κλάδων των αμερικανικών ενόπλων δυνάμεων από 485,2 δις δολάρια σε 536,2 δις,  αύξηση περίπου ή 10–10,5%.

Περίπου 32 δις αφορούν την προμήθεια αεροσκαφών και κινητήρων, ενώ 19 δις είναι για έρευνα, ανάπτυξη, δοκιμές και αξιολόγηση (RDT&E). Κύριοι παράγοντες που αναφέρονται για αυτή την επιβάρυνση είναι:

  • Η ολοκλήρωση του πλαισίου Block 4 (όπλα, αισθητήρες, σύντηξη αισθητήρων και σχετικές δυνατότητες), για το οποίο ήδη έχει αναθεωρηθεί το εύρος και το χρονοδιάγραμμα ώστε να αντιμετωπίσει  προηγούμενες υπερβάσεις κόστους και καθυστερήσεις.
  • Το νέο ραντάρ AN/APG-85 (προηγμένο ραντάρ AESA που αντικαθιστά το APG-81).
  • Η Αναβάθμιση πυρήνα κινητήρα (ECU) και ξ Αναβάθμιση Διαχείρισης Ισχύος και Απαγωγής Θερμότητας (PTMU) για να αντιμετωπιστούν οι αυξημένες απαιτήσεις από τα νέα συστήματα.
  • Τα υψηλότερα κόστη υποστήριξης παραγωγής, περισσότερα ανταλλακτικά (για βελτίωση της διαθεσιμότητας), πληθωρισμός και πραγματικά κόστη από πρόσφατες συμβάσεις (π.χ. Lots 18–19).

Από την άλλη το κόστος του πλήρους κύκλου ζωής του προγράμματος (προμήθεια, αξιοποίηση, συντήρηση, υποστήριξη, μελλοντικοί εκσυγχρονισμοί κ.λπ.) εκτιμάτο προηγουμένως πάνω από 2 τρισεκατομμύρια δολάρια. Εδώ η τελευταία έκθεση MSAR αναθεωρεί την εκτίμηση προς τα κάτω, περίπου στα 1,93 τρισεκατομμύρια δολάρια (από περίπου 2,06 τρισεκατομμύρια στην προηγούμενη έκθεση). Πρόκειται όμως για μακροπρόθεσμες προβλέψεις που εξαρτώνται από υποθέσεις σχετικά με τις ώρες πτήσης, τη διάρκεια ζωής της χρήσης, τον πληθωρισμό και την αποδοτικότητα της υποστήριξης.